Интересно.
Я раньше всегда думала, что это сканер плохо настроен, но проблема решилась просто - меньше часа кропотливого вычищения листа от всех пятен после сканирования (затемнения, отпечатки пальцев, грязь), немного коррекции для чёткости и яркости - и никаких проблем, все светлые карандашные линии сохранены и находятся на своих местах.
Вывод: прежде чем обвинять технику, надо обратить внимание на то, как проходит обработка. Если левой пяткой за минуту - то проблема явно не в сканере х)